Notodden Fotballklubb ble stiftet 3. november 1999 som ett samarbeidsprosjekt mellom Snøgg og Heddal som slo seg sammen til en klubb.

Opprykket

I 2006 rykket Notodden opp til 1.divisjon etter å ha ledet 2. divisjon avdeling 1 gjennom hele sesongen. Etter å ha hatt en solid ledelse lenge, ble den knappet kraftig inn og sluttspurten ble rimelig spennende i avdelingen.
I siste serierunde møttes Notodden FK og Lørenskog til opprykksfinale i Notodden. Status før kampen var at vinneren ville rykke opp. NFK vant kampen 5-3 og tok med det opprykket.
Samtidig satte Notodden Fotballklubb ny tilskuerrekord. Ikke nok med at klubben vant avdelingen, de gikk også ubeseiret gjennom hele sesongen.

Første sesongen i 1. Divisjon 2007 bet Notodden bra fra seg, og endte opp på en niendeplass. 2008-sesongen gjorde laget en meget god figur og endte på en solid sjetteplass, åtte poeng fra kvalifiseringsplass. Sesongen 2009 ble imidlertid en nedtur. Halvveis i sesongen ble trener Jan Halvor Halvorsen løst fra kontrakten og erstattet av Arne Sandstø, men heller ikke han klarte å redde klubben, som til slutt endte med en fjortendeplass og nedrykk, ti poeng fra fornyet kontrakt.

I 2011 vant NFK 2. divisjon avdeling 3, og spilte derfor igjen i Adeccoligaen sesongen 2012. NFK rykket imidlertid ned igjen og Kenneth Dokken tok over som klubbens nye hovedtrener denne høsten.
Fra sesongen 2013 har klubben spilt i 2. divisjon og beste plassering er tredjeplass i 2016.

Ny seriestuktur

NFK ble en del av den nye 2. divisjonen fra sesongen 2017 hvor det ble kuttet ned til to avdelinger med 14 lag. Halvparten av lagene rykket ned sesongen 2016.

Opprykk

2017-sesongen ble det nytt opprykk for Notodden Fotballklubb. Nest Sotra vant avdelingen og rykket direkte opp, men NFK endte på 2.plass og sikret seg kvalifisering til OBOS-ligaen. I kvaliken var Raufoss mostander over to kamper. Vinneren over to kamper skulle møte tredje siste lag i OBOS-ligaen over to kamper.

Første kamp ble spilt på NAMMO Stadion og kampen endte med 2-1 seier til Raufoss. Amani Mbedule scoret NFKs mål like før slutt, og denne scoringen skulle bli svært viktig for Notodden Fotballklubb.

Returkampen ble spilt en uke senere og NFK ledet 2-0 da Raufoss satte inn 2-1 på overtid. Lagene gikk til ekstraomganger, men det måtte straffekonk til for å avgjøre kvaliken. Jonatan Johansson reddet og Erlend Hustad fikk æren av å avgjøre straffekonken foran 1100 tilskuere i Idrettsparken.

I kvalikfinalen ble Fredrikstad FK motstander. Første kamp ble spilt på Fredrikstad Stadion og kampen endte 0-0. Dette var et godt utgangspunkt før returkampen hjemme i Idrettsparken.

Over 2000 tilskuere fant veien til Idrettsparken da kvaliken til OBOS-ligaen 2018 skulle avgjøres. NFK fikk en fantastisk start på kampen og ledet 4-0 etter 28.minutter etter scoringer av Erlend Hustad, Martin Holmen, Steffen Jenssen og Amani Mbedule. Kampen endte til slutt 5-3 og det var Erik Midtgarden som var siste målscorer for NFK. Med 5-3 seier over FFK kunne Notodden Fotballklubb slippe jubelen løs. Opprykk til OBOS-ligaen var klart.

2018

2018-sesongen endte med en 12. plass i OBOS-ligaen etter å ha slått Sogndal på bortebane i den siste og avgjørende serierunden.